Koleksi Referensi disimpan dalam ruang khusus (ruang referensi) yang berupa kumpulan atau kelompok koleksi pustaka yang terdiri dari bahan-bahan pustaka berisi karya-karya yang bersifat memberitahu atau menunjukkan (informative referencial) mengenai informasi-informasi tertentu. Adapun macam-macam koleksi referensi yaitu:

1. Kamus digunakan untuk mencari arti kata, asal kata, definisi, pengejaan, pengucapan, singkatan, istilah, kata-kata asing, sinonim, lambang/symbol, dialek.

• Kamus Besar Bahasa Indonesia.
• Kamus Lengkap Bahasa Jerman, dllAlmanak dan Buku tahunan.

2. Almanak dan Buku Tahunan digunakan untuk mengetahui data dan peristiwa seperti kejadian/peristiwa penting, hari-hari penting, dan kegiatan tahunan.

• Statistik Indonesia.
• Annual Report of Te ASEAN Standing Committee.

3. Ensiklopedi, Buku pegangan/manual, Brosur, dan Pamflet, digunakan untuk memperoleh informasi tentang pengetahuan umum, latar belakang, dan pedoman, serta menjawab informasi umum.
 

•  Ensiklopedia Americana.
•  Ensiklopedia Ekonomi, Bisnis, dan Manajemen.

4. Direktori, Buku tahunan, Almanak, Brosur dan Pamflet, digunakan untuk mengetahui organisasi dan lembaga; mencakup tujuan, keanggotaan, kegiatan, struktur, nama pejabat dan alamatnya.

• Direktori Perguruan Tinggi Terakreditasi.
• Penerbitan pemerintah, berkenaan undang-undang, peraturan-peraturan, dan keterangan resmi.
• Karya-karya ilmiah/Penelitian, digunakan untuk mengetahui hasil karya-karya ilmiah, hasil-hasil penelitian, subyek-subyek penelitian.
• Klipping, Brosur, Pamflet dan Press Release, berkaitan dengan berita-berita penting tertentu mencakup berita kejadian tertentu, informasi bidang tertentu, promosi tertentu.
• Jurnal.

5. Koleksi jurnal adalah salah satu diantara koleksi yang disediakan di Perpustakaan sebagai bahan rujukan penelitian. Berbagai jurnal tercetak telah dilanggan perpustakaan demi memastikan mahasiswa/i dapat memanfaatkannnya secara maksimal.

• Jurnal Kebijakan Perikanan Indonesia (Indonesia Fisheries Policy Jornal)
• Media Akuakultur
• Gadjah Mada International Journal Business, dll

6. Prosiding, kumpulan dari beberapa paper akademis hasil seminar/conference. Perpustakaan USNI memiliki beberapa prosiding, yaitu :

• Prosiding Simposium Nasional Akuntansi.
• Prosiding Seminar Nasional Aplikasi Sains dan Teknologi, Tema: Membangun Daya Saing Bangsa Dengan Kemandirian Sains dan Teknologi.
• Prosiding Seminar Nasional Perikanan Penangkapan dan Budidaya Perairan, dll.

7. Majalah

• Tempo.
• Infokomputer.
• Gatra, dll.

8. Koleksi Lokal (Local Content): Skripsi, Thesis, dan Disertasi. Koleksi lokal tidak dipinjamkan untuk dibawa pulang, koleksi tersebut hanya untuk dibaca ditempat.