Koleksi Referensi disimpan dalam ruang khusus (ruang referensi) yang berupa kumpulan atau kelompok koleksi pustaka yang terdiri dari bahan-bahan pustaka berisi karya-karya yang bersifat memberitahu atau menunjukkan (informative referencial) mengenai informasi-informasi tertentu. Adapun macam-macam koleksi referensi yaitu:
1. Kamus digunakan untuk mencari arti kata, asal kata, definisi, pengejaan, pengucapan, singkatan, istilah, kata-kata asing, sinonim, lambang/symbol, dialek.
- Kamus Besar Bahasa Indonesia.
- Kamus Lengkap Bahasa Jerman, dllAlmanak dan Buku tahunan.
2. Almanak dan Buku Tahunan digunakan untuk mengetahui data dan peristiwa seperti kejadian/peristiwa penting, hari-hari penting, dan kegiatan tahunan.
- Statistik Indonesia.
- Annual Report of Te ASEAN Standing Committee.
3. Ensiklopedi, Buku pegangan/manual, Brosur, dan Pamflet, digunakan untuk memperoleh informasi tentang pengetahuan umum, latar belakang, dan pedoman, serta menjawab informasi umum.
- Ensiklopedia Americana.
- Ensiklopedia Ekonomi, Bisnis, dan Manajemen.
4. Direktori, Buku tahunan, Almanak, Brosur dan Pamflet, digunakan untuk mengetahui organisasi dan lembaga; mencakup tujuan, keanggotaan, kegiatan, struktur, nama pejabat dan alamatnya.
- Direktori Perguruan Tinggi Terakreditasi.
- Penerbitan pemerintah, berkenaan undang-undang, peraturan-peraturan, dan keterangan resmi.
- Karya-karya ilmiah/Penelitian, digunakan untuk mengetahui hasil karya-karya ilmiah, hasil-hasil penelitian, subyek-subyek penelitian.
- Klipping, Brosur, Pamflet dan Press Release, berkaitan dengan berita-berita penting tertentu mencakup berita kejadian tertentu, informasi bidang tertentu, promosi tertentu.
- Jurnal.
5. Koleksi jurnal adalah salah satu diantara koleksi yang disediakan di Perpustakaan sebagai bahan rujukan penelitian. Berbagai jurnal tercetak telah dilanggan perpustakaan demi memastikan mahasiswa/i dapat memanfaatkannnya secara maksimal.
- Jurnal Kebijakan Perikanan Indonesia (Indonesia Fisheries Policy Jornal)
- Media Akuakultur
- Gadjah Mada International Journal Business, dll
6. Prosiding, kumpulan dari beberapa paper akademis hasil seminar/conference. Perpustakaan USNI memiliki beberapa prosiding, yaitu :
- Prosiding Simposium Nasional Akuntansi.
- Prosiding Seminar Nasional Aplikasi Sains dan Teknologi, Tema: Membangun Daya Saing Bangsa Dengan Kemandirian Sains dan Teknologi.
- Prosiding Seminar Nasional Perikanan Penangkapan dan Budidaya Perairan, dll.
7. Majalah
- Tempo.
- Infokomputer.
- Gatra, dll.
8. Koleksi Lokal (Local Content): Skripsi, Thesis, dan Disertasi. Koleksi lokal tidak dipinjamkan untuk dibawa pulang, koleksi tersebut hanya untuk dibaca ditempat.